Alla sinistra dell’altare maggiore, nel transetto, è collocato l’altare del Santo Patrono della città, San Nicola, Vescovo di Mira. Al centro dell’altare è posta la statua del Santo, in pietra scolpita, realizzata successivamente al 1640, tra due colonne tortili, decorate con motivi vegetali e teste di putti, sormontate da una cornice aggettante, sulla quale poggiano due acroteri. Sul fastigio due putti recano un fregio con un calice decorato, mentre, più in basso, altri due putti reggono una grande corona. Sui basamenti delle due colonne sono raffigurati tre bambini nella tinozza, ricordano il miracolo del Santo, che li fece resuscitare, dopo che un oste li aveva fatti a pezzi. Più sotto, un putto tiene nelle mani dei grappoli d’uva e altri frutti. Sul paliotto è scolpito lo stemma di Squinzano.
L’altare risulta censito, nella visita pastorale del 1640, del vescovo Luigi Pappacoda, ma il prelato non menziona la statua. Essa viene citata, per la prima volta, durante la Santa Visita di Mons. Antonio Pignatelli del 1680. Il Vescovo, che sarà eletto Papa con il nome di Innocenzo XII, il 12 luglio del 1691, così scrive nel suo verbale: “statua sancii Nicolai lapidem bene scultam et aurea ornata”. L’opera, copia di quella collocata nella Chiesa dei Santi Niccolò e Cataldo in Lecce, è attribuita da Agostino Papa a Placido Boffelli, anche se la scultura appare lontana dallo stile dello scultore di Alessano. Si può ipotizzare che l’ignoto autore abbia tenuto presente il modello leccese per le fattezze del volto e l’ampiezza del gesto, opera ricordata dall’Infantino come certa del Riccardi. Il Santo è raffigurato con gli abiti vescovili: mitra, stola e piviale finemente decorati, e le fattezze dell’anziano Vescovo benedicente, che guarda fissamente davanti a sé. Sul muro sinistro dell’altare è collocata una lapide in marmo.
Dalla frase incisa risulta che il Cap. Pierri Cav. Menotti fece restaurare l’altare a sue spese “con animo grato di grazie ricevute”. La data 13 agosto del 1939 viene seguita da A. XVII. (il 13 agosto del 1939 era la seconda domenica di quel mese e ciò confermerebbe che il Santo patrono veniva festeggiato, all’epoca, così come avveniva fin dagli inizi del 1900, oltre che il 6 dicembre, anche la seconda domenica di agosto. Per quanto riguarda l’anno scritto in cifre romane – A.XVII. – si riferisce al 17o anno dopo la presa del potere da parte del Fascismo, in quanto, in quel periodo gli anni, si contavano in quel modo, cioè, a partire dal 1922). Sotto l’altare, secondo quanto scritto nel libro dei defunti, conservato presso l’Archivio Parrocchiale, sarebbe stato sepolto Don Mauro Paticchio (6), sacerdote e biografo molto stimato dal popolo e dal Capitolo parrocchiale, il quale si spense il 23 luglio del 1791, all’età di 73 anni.
Nel 1832, l’Arciprete della Matrice Don Leonardo Gocciolo, ottenne dal Papa Gregorio XVI, la concessione dell’indulgenza plenaria nella solennità di San Nicola.
Ma già nel 1804, Papa Pio VII l’aveva concessa a chi, nel primo e ultimo giorno della novena natalizia, visitava e pregava davanti all’altare del patrono.
Ai lati dell’altare sono collocate due statue in pietra scolpita, alte entrambe metri uno circa precedenti all’anno 1660. Le due sculture probabilmente facevano pèndant con quelle andate perdute, raffiguranti l’Addolorata e San Giovanni Evangelista, poste ai lati dell’altare del Crocifisso, ex Vergine Costantinopolitana. Le opere potrebbero essere assegnate ad uno scultore locale del XVII secolo, attento ai modelli del Riccardi.
Nella nicchia del muro sinistro è posta la statua di San Luigi Gonzaga, raffigurato con le fattezze di un giovane; indossa gli abiti talari e regge con la mano sinistra il Crocifisso mentre la destra è rivolta al cielo.
La seconda statua, collocata nella nicchia del muro destro, raffigura Sant’Andrea Avellino, in piedi, con il viso barbuto rivolto verso l’alto; indossa gli abiti sacerdotali e reca sul braccio sinistro una stola e con la mano destra regge dei gigli.
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